Det var liget af den 34-årige Jonathan Holst Nielsen, der i tirsdag blev fundet i en tidligere mergelgrav ved Herlufmagle.
Det oplyser Sydsjællands og Lolland-Falsters Politi i en pressemeddelelse.
Den 34-årige mand har været meldt savnet siden den 25. januar 2015, hvor han forsvandt fra sit hjem i København.
Jonathan Holst Nielsen er blevet skudt, oplyser politiet.
Da han blev fundet var han bagbundet på hænder og fødder og der var hængt vægte til hans krop.
Politiet ønsker på nuværende tidspunkter ikke at kommentere rygter om, at den dræbte skulle have forbindelse til indsmugling af hash, som avisen Ekstra Bladet ellers hævder fredag.
Identifikationen af den døde mand har taget længere tid end normalt, da han har ligget længe i vandet, oplyser politiet.