Efter fem år med vækst endte 2008 skidt for Mols-Linien. Rederiet kom ud af 2008 med et underskud før skat på 53 millioner kroner.
Det skyldes ikke mindst en uheldig cocktail af høje oliepriser og svigtende kunder. Rederiet opkrævede fra sommeren et olietillæg på 100 kroner fra kunderne - og så tog de broen over Storebælt i stedet for at sejle over Kattegat.
I efteråret fjernede rederiet olietillægget, men det fik ikke folk til at vende tilbage til færgerne. Det har samlet set resulteret i, at antallet af overførte personbiler er faldet med 13,8 procent, antallet af passagerer er faldet med 12,0 procent og det samlede fald i antallet af lastvognsenheder er faldet med 9,2 procent.
For 2009 venter Mols-Linien et samlet overskud før tonnageskat på mellem 40 og 65 millioner kroner.